Próbówki powinny być pakowane do woreczków jednorazowych z tworzywa, które zabezpieczają przed przypadkowym wyciekiem i skażeniem instalacji. Umieszczenie próbówek w oddzielnym plastikowym woreczku, wyposażonym w taśmę uszczelniającą to bardzo efektywna metoda zwiększenia bezpieczeństwa systemu poczty pneumatycznej w szpitalu. Innym efektywnym środkiem ostrożności jest umieszczenie w pojemniku materiału absorbującego, jak lignina. Jeśli umieszczono wystarczająco dużo ligniny, będzie ona w stanie zabsorbować każdy możliwy wyciek w obrębie pojemnika, w ten sposób skutecznie eliminując niebezpieczeństwo wydostania się na zewnątrz pojemnika do instalacji lub stacji odbiorczej. Absorbent będzie także ograniczał przemieszczanie się próbówek w obrębie pojemnika, dodatkowo zmniejszając możliwość uszkodzenia próbówek. Można również stosować gotowe, dedykowane wkładki z tworzywa lub gąbki, ich wadą jest jednak stosunkowo wysoka cena oraz brak pełnego programu kształtów dostosowanego do wszystkich dostępnych próbówek wykorzystywanych w szpitalach. Nie należy umieszczać w pojemniku zbyt dużo próbówek, gdyż zbyt duże naprężenia wynikające z ich ciasnego upakowania mogą prowadzić do pęknięcia próbówek w trakcie transportu. Ryzyko zbyt ciasnego pakowania występuje najczęściej w przypadku, gdy personel musi pakować bardzo dużo próbówek, a liczba dostępnych pojemników lub ich pojemność jest zbyt mała w stosunku do faktycznych potrzeb. Próbówki po umieszczeniu materiału absorbującego nie powinny mieć możliwości swobodnego przemieszczania się w obrębie pojemnika transportowego, gdyż jeszcze bardziej niebezpieczne jest zapakowanie próbówek zbyt luźne. W takim przypadku próbówki obijają się o siebie oraz ścianki pojemnika, co znacznie zwiększa ryzyko ich pęknięcia. Ryzyko zbyt luźnego pakowania jest szczególnie niebezpieczne w przypadku stosowania stacji samowyładowczych starszej generacji (pojemnik w kształcie „kwiatu lotosu” z otwarciem polipowym), gdzie zawartość pojemnika wypada pod wpływem siły grawitacji, gdyż do ich bezusterkowej pracy konieczne jest zapewnienie znacznej swobody próbówek, tak aby mogły one same wypaść z pojemnika transportowego. Stacje samowyładowcze starszej generacji przy zbyt ciasnym zapakowaniu pojemnika, często nie były w stanie skutecznie wyładować próbówek („ładunek może blokować się w tubie, nie wypada z niej u odbiorcy i nierozładowany pojemnik wraca do nadawcy” – czasopismo Logistyka 6/2015 str. 3443), co zmuszało obsługę do pakowania pojemników z pewnym luzem. Sytuacja ta nie dotyczy stacji samowyładowawczych nowej generacji, gdzie zawartość pojemnika jest usuwana mechanicznie, przy użyciu tłoka, co znacząco podnosi bezpieczeństwo korzystania z poczty pneumatycznej.
Próbówki typu Vacutainer na mocz powinny podlegać tym samym zasadom jak próbówki z krwią typu Vacutainer. W przypadku transportu pocztą pneumatyczną próbek moczu w pojemnikach zakręcanych, niehermetycznych zaleca się transport nie więcej niż jednego pojemnika z moczem w pojemniku transportowym z umieszczoną dużą ilością materiału absorbującego.