Cena poczty pneumatycznej wzrasta z liczbą stacji zastosowanych w instalacji. Niezależnie od wielkości instalacji konieczne jest wykonanie maszynowni oraz komputerowego systemu nadrzędnego. Koszty te rozkładają się na wszystkie stacje systemu, stąd koszt jednostkowy stacji jest najwyższy w przypadku najmniejszych instalacji szpitalnych. Wpływ na wzrost ceny instalacji pneumatycznej ma zastosowanie stacji samowyładowczych. Również droższe od stacji typowych są stacje laboratoryjne z elektrycznie napędzanymi przenośnikami. Analogicznie stacje w wykonaniu wzmocnionym – stacje wandaloodporne podwyższają cenę instalacji. Istotny wpływ na wzrost ceny ma zastosowanie rozdzielaczy liniowych, które są standardowo wykorzystywane w przypadku instalacji wieloliniowych.
Cena poczty pneumatycznej w szpitalu zależy od miejsca montażu rurociągów. Najtańsze jest montowanie rurociągów wewnątrz budynków, zdecydowanie droższe są rurociągi prowadzone w ziemi, gdyż wymagają zastosowania rurociągów z PE-HD. Jeszcze droższe jest prowadzenie instalacji napowietrznie, gdyż wiąże się z budową dodatkowych konstrukcji wsporczych oraz izolacją termiczną i wykonaniem połączeń kompensujących zmiany długości rurociągów na skutek zmiany temperatury otoczenia. Rurociągi pneumatyczne w wykonaniu specjalnym tj. stalowe, transparentne, z tworzyw bezhalogenowych lub szpitalne są droższe od standardowych rur PCV. Najdroższe są rurociągi ze stali nierdzewnej, które ze względu na bardzo wysoką cenę w szpitalach stosuje się rzadko. Rury z tworzywa bezhalogenowego (ABS) są zbliżone ceną do rur stalowych, dlatego stosuje się je tylko w przypadku wybranych fragmentów instalacji, gdzie postawiono podwyższone wymogi bezpieczeństwa przeciwpożarowego. Rurociągi transparentne z PMMA są również zdecydowanie droższe, dlatego są stosowane wyjątkowo, najczęściej w miejscach, gdzie nie można rurociągów skutecznie ukryć. Poruszający się widoczny pojemnik stanowi w takim przypadku atrakcję dla personelu i osób odwiedzających szpital.
Cechy indywidualne obiektu szpitalnego mogą również być elementem podwyższającym cenę. Przykładowo starsze budynki, bez wolnych przestrzeni technicznych, o grubych ścianach, będą sprawiać więcej problemów instalacyjnych niż budynki nowsze. Wydłużony proces montażowy będzie wpływać na wyższą cenę. Dodatkowe problemy i koszty może spowodować brak inwentaryzacji istniejących instalacji technicznych szpitala, gdyż istnieje znaczne ryzyko ich uszkodzenia. Takie niezinwentaryzowane instalacje po uszkodzeniu trzeba naprawiać, co wydłuża czas realizacji instalacji i jest źródłem dodatkowych kosztów budowy.
Wysokość stosowanej marży przez dostawcę poczty pneumatycznej wpływa na końcową cenę instalacji. Ma to istotne znaczenie szczególnie w sytuacji, gdy niska efektywność pracy montażystów ma zostać zrekompensowana wysoką marżą dostawcy. Nie bez znaczenia jest również odległość siedziby dostawcy od szpitala. Duże odległości oznaczają podwyższone koszty budowy, hotele, przejazdy. Jeśli pracownicy wykonawcy dojeżdżają spoza Polski koszty te mogą w sposób znaczący na całościową cenę instalacji.